Seminars‎ > ‎Seminar Archive‎ > ‎

2016/10/03 第49回 "時間解像度に依存した反応ネットワークの階層的変化とその予測手法の開発" (永幡裕)

2016/09/24 6:07 に Administrator JSSB が投稿   [ 2016/09/24 6:10 に更新しました ]
第49回JSSBセミナーのご案内です。

永幡 裕
ジョンズホプキンス大学  ポスドク Department of Chemistry

時間解像度に依存した反応ネットワークの階層的変化とその予測手法の開発

◯永幡 裕1, 前田 理2, 寺本 央3, 武次 徹也2 小松崎 民樹4
1ジョン・ホプキンス大 化, 2北大 理, 3日立, 4北大 電子研

本講演では、観測の時間解像度に応じた分子ダイナミクスの見え方の階層を可視化し、第一原理計算と実測結果を橋渡しする解析法を提案する。

キーワード:構造異性化、エネルギー地形、遷移状態アンサンブル、時間解像度、安定な部分構造、時間階層構造

1935年EyringとEvans & Polanyiが独立に、統計力学に基づいた素反応の速度定数を見積もる理論:遷移状態理論を提案した。現在も汎く用いられているこの理論は、それ以前のvanHoff – Arrhenius式を包含し、分子のダイナミクスと熱力学、反応速度式を結びつける強力な非平衡系の理論である。この理論を用いて、分子のダイナミクスを速度式に置き換えると、分子構造と分子構造が網目状に繋がったネットワークが得られる。しかし、分子が複雑になればネットワークも複雑になる。例えば小さなモデルたんぱく質であるbeta3sで数十万程度の構造があることが知られている。他方で、観測する時間解像度によって素早く進行する反応は見えなくなり、反応過程は単純化されて見える場合がある。この素過程の単純化に関する数理的研究は、量子化学計算の計算量と計算精度上の問題から、これまであまり取り組まれてこなかった。前者は反応経路自動探索アルゴリズムによって、後者は高精度計算ソフトの登場により可能となった。

本講演では我々が提案している、与えられた構造異性化反応ネットワークに対して、観測の時間解像度に応じた見え方の階層を可視化し、反応ネットワークと実測結果を橋渡しする解析法について(数式をできるだけ使わないで)紹介するつもりである。
Yutaka Nagahata, Ph. D
# Laboratory
Department of Chemistry
Johns Hopkins University
Baltimore, MD 21218
Office: Mergenthaler/Jenkins Hall 121
GPS:    39.329426, -76.621109
Email:  ynagaha1@jhu.edu
URL:    https://sites.google.com/site/phdynagahata/home


開始時間; 10月3日 17:30-
会場;Abel Library (Woods Basic Science Building 303)
スポンサー;島津様

会場へのアクセス:
車の方→N. Wolfe stに路駐可(~$0.5/hr)
1. Preclinical Teaching Building (PCTB、N. WolfeとMonumentの北東角)に入る。
2. フロントでIDをみせてサインアップし、リストバンドもらう。
3. 行き先は303 WBSBと書いてください。
4. Green Cafeを通り過ぎた奥のエレベータで3階へ。
5.  エレベーターを降りてすぐ左の突き当たりが303 WBSB (Abel Library) となります。
*Rangosビル入り口はエレベーター起動に専用バッヂが必要です。

当日の連絡先
410-419-6500(中村cell)

Comments